Las plantas hidropónicas pueden ser susceptibles a enfermedades transmitidas por el agua. Sin embargo, controlar las condiciones del agua... manteniendo temperaturas entre 16 y 26 grados Celsius, niveles de pH de 5,5 y 6,5, y ajustando la CE según los requerimientos de la planta — pueden reducir estos riesgos.
En caso de infección, el tratamiento con peróxido de hidrógeno en la concentración adecuada, como se describe en la guía de su sistema, puede eliminar eficazmente las bacterias.